Visterfðamengjafræði rjúpunnar
Tímamörk
Langtímaverkefni.
Samstarfsaðilar
Patrik Rödin-Mörch, PostDoc við Háskólann á Akureyri (styrktur af Rannís 2021–2022)
Thedore Squires, doktorsnemi við Háskólann á Akureyri (styrktur af Rannís 2021–2023)
Ólafur K. Nielsen, vistfræðingur hjá Náttúrfræðistofnun Íslands
Jacob Höglund, prófessor við University of Uppsala, Svíþjóð
Jennifer S. Forbey, prófessor við Boise State University, Idaho, Bandaríkjunum
Páll Melsted, prófessor við Háskóla Íslands
Snæbjörn Pálsson, prófessor við Háskóla Íslands
Zophonías Oddur Jónsson, prófessor við Háskóla Íslands
Eva Charlotte Halapi, dósent við Háskólann á Akureyri
Styrkir
Verkefnið er styrkt af RANNÍS 2020–2022, Icelandic Research Fund (IRF nr. 206529-052), Swedish Research Council, Vetenskapsrådet (VR grant no. 2018-04635) og Rannsóknarsjóði Háskólans á Akureyri.
Um verkefnið – Markmið og verkþættir
Erfðamengjavistfræði byggir á vísindalegum aðferðum erfðamengjagreininga og lífupplýsingafræði sem fást við að svara þróunar- og vistfræðilegum spurningum. Markmið verkefnisins er að meta fylgni erfðabreytileika við stofnsveiflur og svipgerðir hjá íslensku rjúpunni. Það er gert með því að beita nálgun erfðamengjavistfræði með hjálp erfðamengis og umritunarmengja íslensku rjúpunnar sem nýlega hefur verið raðgreind og sett saman.
Á árunum 2006–2017 unnu Náttúrufræðistofnun Íslands og Háskóli Íslands saman að umfangsmiklu rannsóknarverkefni er varðar heilbrigði rjúpunnar og stofnsveiflur en þar var vefjum og gögnum safnað sem eiga sér enga hliðstæðu í heiminum. Þau gögn verða rannsökuð í þeim tilgangi að reyna að skilja áhrif innri þátta á borð við breytileika í örverusamfélögum þarma rjúpu í stofnsveiflum og gagnvirkt samband rjúpu við plöntur sem hún nærist á og eiturefni þeirra. Með verkefninu gefst tækifæri til að uppgötva og skilgreina ákveðin svæði í erfðamenginu sem tengjast náttúruvali/aðlögun og til að rannsaka gen sem taka þátt í líffræðilegu ferli á borð við ólífrænt og lífrænt áreiti. Einnig er rannsakaður erfðamunur á stofnum rjúpur víðsvegar í Evrópu í þróunarfræðilegu samhengi við loftslagsbreytingar.
Nánari upplýsingar
Visterfðamengjafræði rjúpunnar (upplýsingar um verkefnið á vef Háskólans á Akureyri)
Ptarmigan Ecogenomics (information about the project in English on the website of the University of Akureyri)
Niðurstöður
Genome Data Viewer: Lagopus muta. (á. á.). NCBI. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gdv?org=lagopus-muta&group=galloanserae
Squires, T. E., Rödin-Mörch, Pl, Formenti, G., Tracey, A., Abueg, L., Brajuka, N., Jarvis, E., Halapi, E. C., Melsted, P., Höglund, J. og Magnússon, K. P. (2023). A Chromosome-Level Genome Assembly for the Rock Ptarmigan (Lagopus muta). G3 Genes|Genomes|Genetics 13(7), jkad099. https://doi.org/10.1093/g3journal/jkad099
Pálsson, S., Wasowicz, Pl, Heiðmarsson S. og Magnússon, K. P. (2022). Population structure and genetic variation of fragmented mountain birch forests in Iceland. Journal of Heredity 114(2), 165–174. https://doi.org/10.1093/jhered/esac062
Sveinsdóttir, M. og Magnússon, K. P. (2017). Complete mitochondrial genome and phylogenetic analysis of willow ptarmigan (Lagopus lagopus) and rock ptarmigan (Lagopus muta) (Galliformes: Phasianidae: Tetraoninae). Mitochondrial DNA Part B 2(2), 400–402. http://dx.doi.org/10.1080/23802359.2017.1347834
Kozma, R., Melsted, P., Magnússon, K. P. og Höglund, J. (2016). Looking into the past - the reaction of three grouse species to climate change over the last million years using whole genome sequences. Molecular Ecolology 25(2), 570–580. https://doi.org/10.1111/mec.13496
Tengiliður
Kristinn Pétur Magnússon, sérfræðingur í erfðavistfræði á Náttúrufræðistofnun og prófessor í sameindaerfðafræði við Auðlindadeild Háskólans á Akureyri.