Dýrasafn
Í dýrasafni Náttúrufræðistofnunar eru varðveitt rúmlega 300 þúsund tegundasýni, en hvert sýni getur innihaldið frá einu eintaki upp í nokkur þúsund. Markmiðið er að safneintökin endurspegli hverskyns breytileika tegunda á öllum stigum lífsferilsins og sem víðast innan útbreiðslusvæðis hverrar tegundar. Dýrasafnið er grunnur ýmissa rannsókna í flokkunarfræði, einkum við að kortleggja breytileika í svipgerð tegunda, greina skil á milli líkra eða breytilegra tegunda og við endurskoðun á tegundalýsingum og flokkunarkerfum sem endurspegla þróunarskyldleika.

Tölvuskráning alls safnkostsins nýtist við gerð útbreiðslukorta, samantekta á tegundatali, válistum, mótun safnastefnu og miðlun upplýsinga á netinu.
Dýrasafnið veitir aðgang að sýnum sem eru sárasjaldgæf eða óaðgengileg úti í náttúrunni vegna mikils kostnaðar og fyrirhafnar við að afla nýrra sýna. Í safninu eru aukinheldur tiltæk eintök frá liðnum árum og öldum sem nýtast til samanburðar við núlifandi eintök, til dæmis ef meta á aukinn styrk ýmissa aðskotaefna í núlifandi dýrum. Eintök úr safninu eru lánuð tímabundið til rannsókna eða sýninga samkvæmt reglum Náttúrufræðistofnunar um gripalán og sýnatöku.
Hryggdýrasafn
Í fuglasafni Náttúrufræðistofnunar eru varðveittir um 14.500 fuglshamir, auk uppstoppaðra fugla, beina, eggja og hreiðra.
Sjávarhryggleysingjar
Í árslok 2024 voru í gagnagrunni sjávarhryggleysingja tiltækar upplýsingar um ýmsa umhverfisþætti á 19.551 sýnatökustað botnlægra sjávardýra. Heildarfjöldi skráðra tegunda og stærri flokkunarheilda á þessum stöðum var 164.945. Á sama tíma var skráður fjöldi sjávardýrategunda í grunninum 3.971, þar af 3.606 tegundir hryggleysingja og 365 fiskategundir.
Alþjóðlegi gagnabankinn WoRMS er nýttur til að staðla skráningu latneskra vísindaheita, þannig er hver tegund skráð með viðurkennt vísindaheiti (accepted names) ásamt samheitum (synonyms) eða misheitum (homonyms) sömu tegundar. Sama gildir um stærri flokkunarheildir (fylkingar, flokkar, ættbálkar, ættir og ættkvíslir), auk þess sem samsvarandi íslenskar nafngiftir eru skráðar. Í árslok 2024 voru slíkar upplýsingar tiltækar fyrir 8.353 heiti.
Smádýrasafn
Smádýrasafn Náttúrufræðistofnunar geymir um 800.000 eintök landhryggleysingja. Markmið safnsins er að varðveita eintök af öllum tegundum sem hafa fundist á Íslandi, bæði þeim sem eiga hér náttúruleg heimkynni, þeim sem berast til landsins af sjálfsdáðum og þeim sem slæðast hingað með fólki og varningi. Jafnframt er lögð áhersla á að varðveita eintök frá sem flestum svæðum landsins til að staðfesta fundarstaði og auka þekkingu á útbreiðslu, en útbreiðslumynstur eru mismunandi eftir lífsháttum og þörfum hverrar og einnar tegundar.
Vinna við smádýrasafnið er stöðug og skráning nýrra eintaka á sér stað nær daglega. Eintökin eru afrakstur skilgreindra rannsóknaverkefna en einnig safnast sýni af tegundum sem skordýrafræðingar stofnunarinnar rekast á við störf sín eða berast frá einstaklingum sem vilja fá greiningu á dýrum.
Smádýrafræðin er síbreytileg og reglulega á sér stað endurskoðun á tegundaskilgreiningum og skyldleikatengslum. Stundum koma í ljós rangfærslur og röng skilgreining tegunda, eða að tegundir eru sameinaðar eða skipt upp í fleiri tegundir. Af þessum sökum er brýnt að varðveita eintök í vísindasöfnum, þar sem þau eru skráð í gagnagrunna með öllum tilheyrandi upplýsingum og aðgengileg til frekari rannsókna og endurskoðunar.
