Jarðfræðisöfn
Jarðfræðisöfn Náttúrufræðistofnunar skiptast í steinasafn, steingervingasafn og borkjarnasafn. Steina- og steingervingasöfnin eru varðveitt í starfsstöð stofnunarinnar í Garðabæ og hafa að geyma um 37.700 sýni. Borkjarnasafnið er staðsett á Breiðdalsvík og geymir það um 100 kílómetra af borkjörnum og töluvert magn af borsvarfi.
Eintök úr söfnunum eru lánuð tímabundið til rannsókna eða sýninga samkvæmt reglum Náttúrufræðistofnunar um gripalán og sýnatöku.

Steindir og berg
Steinasafninu er ætlað að vera viðmiðunarsafn allra þekktra íslenskra steinda og bergtegunda úr mismunandi jarðmyndunum. Við lok árs 2024 hafði safnið að geyma tæplega 29.000 skráð sýni, þar af um 6.500 steindasýni og 22.500 bergsýni. Þar má einnig finna steinategundir sem notaðar hafa verið í iðnaði hér á landi eða fundist hafa sem fornleifar. Steinasafnið er undirstaða flestra rannsókna á íslenskum steintegundum því þar er að finna góð sýni sem oft eru ekki aðgengileg í náttúrunni eða verða ekki fengin án verulegs kostnaðar. Að auki er steinasafnið mikilvæg forsenda þess að hægt sé að útvega sýni til sýninga eða kennslu með stuttum fyrirvara. Á hverju ári eru lánaðir nokkrir tugir sýna til rannsókna eða á sérsýningar.
Steinasafnið er að verulegu leyti byggt upp af starfsmönnum stofnunarinnar. Töluvert af steinum hefur einnig borist frá opinberum stofnunum, einkum Háskóla Íslands, og í formi gjafa frá einkaaðilum. Erlend steinda- og bergsýni hafa flest fengist í skiptum fyrir íslensk sýni eða þau hafa verið keypt. Við uppröðun og greiningu steinda er stuðst við flokkunarkerfi Strunz og Nickel en við uppröðun bergtegunda er höfð hliðsjón af kerfi Trögers (Spezielle Petrographie der Eruptivgesteine: Ein Nomenklatur-Kompendium, 1935).
Í náttúrugripasöfnum þar sem fara fram rannsóknir og miðlun upplýsinga eru steinda- og bergtegundasöfn, og sum önnur sérsöfn, geymd í sérsmíðuðum steinahirslum sem eru vel aðgengilegar sérfræðingum. Önnur sérsöfn sem sjaldnar er gengið í eru geymd í kössum.
Tilvist steinasafnsins auðveldar rannsóknir á einstökum tegundum. Stundum er steinasafn forsenda þess að hægt sé að ráðast í ákveðnar rannsóknir vegna þess að nægilega góð sýni eru ekki lengur aðgengileg úti í náttúrunni eða verða ekki fengin án verulegs kostnaðar. Á ári hverju eru nokkrir tugir sýna lánaðir til rannsókna eða á sérsýningar.
Steinasafnið er skráð í gagnagrunn jarðfræðisviðs Náttúrufræðistofnunar.

Steingervingasafn
Náttúrufræðistofnun varðveitir eintök steingervinga sem hafa fundist í jarðlögum landsins. Rannsóknir á steingervingum veita mikilvægar upplýsingar um fornvistkerfi og gera kleift að meta umhverfisaðstæður á þeim tíma jarðsögunnar þegar steingervingalögin mynduðust, þar á meðal fornloftslag. Í steingervingasafni stofnunarinnar eru skráð og varðveitt tæplega 7.500 eintök steingervinga úr jarðlögum frá flestum þekktum fundarstöðum á landinu, auk tæplega 1.800 erlendra eintaka. Sérstök safndeild, „Originalar“, geymir íslenska steingervinga sem birtar hafa verið myndir af og fjallað hefur verið um á prenti. Þá er þar tegundasafn blaða og aldina erlendra trjátegunda, sem í dag vaxa á suðlægum slóðum en uxu á Íslandi á míósen- og plíósentíma eða fyrir allt að 15 milljónum ára.
Steingervingasafnið er skráð í gagnagrunn jarðfræðisviðs Náttúrufræðistofnunar.
